A-viirushepatiit
 Terviseameti soovitused haiglatele A-hepatiidi viiruse haiglasisese leviku vältimiseks ( 15.09. 2011)
 Terviseameti soovitused perearstidele ja eriarstidele A-hepatiidi viiruse leviku vältimiseks (15.09.2011)
 Terviseameti soovitused vereteenistusele A-viirushepatiidi viiruste leviku vältimiseks doonorivere kaudu (21.09.2011)

Noroviirusnakkus
 Noroviirusnakkuse laboratoorne diagnostika

Legionelloos
 Legionella ohutuse meetmete rakendamine (november, 2007)
 Legionella uuringutulemuste hindamine (november, 2007)

Pandeemilise gripi / linnugripi / seagripi nakkusohutuse juhendid
 Uue gripiviiruse inf. A/H1N1 poolt põhjustatud haige uurimismaterjali võtmise, säilitamise ja transportimise juhis, (juuli, 2009)
 Inimese gripi A(H5N1) haigusjuhu definitsioon - uuendatud vastavalt 29.08.2006 WHO definitsioonile
 Juhend linnugripihaigeid käitlevatele tervishoiuasutustele (märts, 2006)
 Juhend linnugripihaigeid käitlevatele tervishoiutöötajatele (märts, 2006)
 Juhend linnukasvatajatele ja -käitlejatele (märts, 2006)
 Juhend isikukaitsevahendite kasutamiseks (märts, 2006)
 Juhend haige uurimismaterjali võtmiseks, säilitamiseks ja transportimiseks
 Juhend linnugripiviirusega saastatud pindade desinfitseerimiseks (märts, 2006)
 Juhend linnugripihaigega kokkupuutunud isikutele (märts, 2006)
 Nakkustõrje juhis reisijatele
 Juhend lennuki meeskonnale (jaanuar, 2006)
 Juhend lennuki salongi puhastamiseks (jaanuar, 2006)
 Juhend lennuki ventilatsioonisüsteemi puhastamiseks (jaanuar, 2006)
 Juhend (gripi)haigete lindudega kokkupuutunud isikutele (märts, 2006)
 Linnugripi nakkusohutuse nõuded doonoritele (märts, 2006)
 Nakkusohtlike jäätmete käitlemine (märts, 2006)
 Soovitused linnutoodete tarbijale (märts, 2006).
 
SARS
 Haigusjuhtude avastamine
 Kahtlase haigusjuhu käsitlemine (aprill, 2003)
 Tõenäolise haigusjuhu käsitlemine (aprill, 2003)
 SARS-nakkuse kahtlusega haigete käsitlemine (aprill, 2003)
 SARS-nakkuse kahtlusega haige isoleerimine (aprill, 2003)
 Kahtlase ja tõenäolise haige kontaktsete käsitlemine (aprill, 2003)
 Tervishoiutöötaja isikliku ohutuse tagamine (aprill, 2003)
 Nakkusohutuse tagamine haige transportimisel (aprill, 2003)
 Kliiniliste jäätmete käsitlemine (aprill, 2003)
 Doonorite käsitlemine
 SARS-nakkuse kahtlusega haigest teavitamine
 SARS-viiruse kliiniline kulg ja säilivus

Äge lõtv halvatus/poliomüeliidi kahtlus
 Ägeda lõdva halvatusega haige uurimismaterjali saatekiri
 Ägedate lõtvade halvatustega poliomüeliidikahtlaselt haigelt uurimismaterjali võtmise ja uuringule saatmise juhend
 Ägeda lõdva halvatusega kulgeva haigusjuhu uuringu vorm I osa
 Ägeda lõdva halvatusega kulgeva haigusjuhu järeluuringu vorm II osa

Muud
 Tervisetõend nakkushaiguste tervisekontrolli läbiviimimise kohta - juhend perearstidele ( juuni, 2007)
 Juhend sügeliste tõrjemeetmete rakendamiseks (september, 2010)